Die Messe gehört zu der Gruppe der ersten vier Messen, die Mozart im Alter von zwölf Jahren in den Jahren 1768/69 komponierte und ist auf den 14. Januar 1769 datiert. Während die erste Kurzmesse Missa brevis KV 49 in strahlendem G-Dur verfasst ist, nähert sich Mozart in seinem zweiten Werk der Gattung in Moll an, er verzichtet auch weitgehend auf Dur-Aufhellungen, selbst wo es der Ordinariums-Text nahelegen würde.
Aufführungsanlass der Messe könnte ein Termin in der Fastenzeit gewesen sein. Die Vermutung, sie sei am 5. Februar 1769 zur feierlichen Eröffnung des 40-stündigen Fastengebets in der Universitätskirche erklungen, gilt heute als unsicher. Wenn die Messe tatsächlich in der Fasten- oder Vorfastenzeit zum ersten Mal erklang, dürfte das Gloria nicht aufgeführt worden sein, da es in dieser Zeit nicht Bestandteil des Ordinariums ist. Ob Mozart das Ordinarium dennoch vollständig vertonte, um auch Aufführungen zu anderen Zeiten des Kirchenjahres zu ermöglichen, oder ob der Satz evtl. später nachkomponiert wurde, ist nicht bekannt.
Die Ernsthaftigkeit, mit der der junge Mozart sich der Vertonung des Messtextes widmete, wird dadurch belegt, dass das Benedictus in drei vollständig ausgeführten Kompositionsentwürfen vorliegt, von denen schließlich die Fassung als Solo-Duett der beiden Frauenstimmen in das Werk aufgenommen wurde.
