Als Mozart im Frühjahr 1791 den Auftrag für ein Requiem annahm, ahnte er noch nicht, dass er es nicht beenden würde und noch weniger, was für ein Rätselraten sein Werk in der Musikwelt auslösen würde. In der Tat liest sich die Entstehungsgeschichte wie eine Detektivgeschichte, die erst im Laufe mehrerer Jahre – teilweise Jahrzehnte – aufgedeckt wurde.
Zunächst war da das Erscheinen eines unbekannten Boten, der ihm den Auftrag erteilt und, was damals unüblich war, die Hälfte des Honorars überreicht unter der Bedingung, den Auftrag geheim zu halten.
Als Mozart im Herbst schwer erkrankt und schließlich stirbt, hinterlässt er ein Fragment. Seine Witwe Constanze bittet mehrere Kompositions-Schüler Mozarts um Vollendung des Werkes, um in den Genuss der zweiten Hälfte des Honorars kommen zu können.
Zunächst Johann von Eybler, der wahrscheinlich große Teile des Originals instrumentierte, aber schließlich von dem Auftrag aus unbekannten Gründen zurücktritt.
Zwischenzeitlich war auch Maximilian Stadler am Werk tätig.
Schließlich tritt Constanze an Franz Xaver Süssmayr heran, der den Auftrag tatsächlich beendet und Mozarts Unterschrift auf die Kopie der Niederschrift setzt.
Wie viel von dem Werk wirklich von Mozart stammt und was Süssmayr beigetragen hat, wird sich wohl nie mehr wirklich feststellen lassen, da auch unklar ist, was Mozart vor seinem Tod mit Süssmayr über das Werk und dessen Gestaltung besprach. Auf jeden Fall nimmt Süssmayr für sich das Sanctus und Benedictus in Anspruch.
Der unbekannte Bote handelte, wie sich später herausstellte, im Auftrag von Graf Walsegg, der für seine verstorbene Frau ein Requiem wünschte, das er dann unter seinem eigenen Namen veröffentlichen und dirigieren könne – daher die Geheimhaltung.
In der Michaelerkirche in Wien erklang das erste Fragment (Introitus und Kyrie) bei den Exequien für Mozart am 10. Dezember 1791 zum ersten Mal.