Haydn schrieb die Missa in angustiis mit dem Beinamen Nelson-Messe für seinen langjährigen Auftraggeber und Patron Fürst Esterhazy. Wie ihr Name („Messe in der Bedrängnis“) sagt, entstand die Messe in einer schwierigen Zeit während der napoleonischen Kriege, der sogenannten „Franzosenzeit“. Das zeigt sich auch darin, dass dies die einzige Messe Haydns ist, die in einer Moll-Tonart verfasst ist. Außerdem besteht die Besetzung zusätzlich aus drei Trompeten, da der Fürst seine Holzbläser entlassen hatte. Die ursprüngliche Besetzung war somit: Streicher, Trompeten, Orgel und Pauken. Haydn ergänzte später Holzbläser- und Hörnerstimmen. Die Messe umfasst klassisch Kyrie, Gloria, Credo, Sanctus, Benedictus und Agnus Dei. Sie weist viele düster klingende Momente auf, aber auch jubelnde Trompetenfanfaren.
Das Werk soll seinen Beinamen Nelson-Messe dem Umstand verdanken, dass der britische Admiral Horatio Nelson auf seiner Rückreise von der siegreichen Seeschlacht vor Alexandria (bei Abukir), wo er die französische Flotte nahezu vernichtete, dem Fürsten Nikolaus II. Esterházy einen Besuch abstattete, wobei ihm (Lord Nelson) zu Ehren diese Messe aufgeführt wurde. Eine andere Legende besagt, dass Haydn während der Arbeit an der Messe erfuhr, dass Nelson Napoleon bei Abukir geschlagen hatte. Darauf führt man auch die Trompetenfanfaren innerhalb des Benedictus zurück.