Philippe de Monte hat für alle wichtigen Vokalformen seiner Zeit geschrieben, außer den leichten Formen wie Kanzonetten oder Villanellen. Er hat ein umfangreiches Kompendium an geistlicher Musik hinterlassen; noch größer war jedoch der Gesamtumfang seiner weltlichen Kompositionen. Die meisten seiner etwa 40 Messen sind zu seinen Lebzeiten unveröffentlicht geblieben, während der größte Teil seiner über 250 Motetten zwischen 1572 und 1600 im Druck erschienen sind.
Bei seinen Messen handelt es sich überwiegend um Parodiemessen; so basieren alle sieben Messen des 1. Messenbuchs von 1587 auf eigenen Motetten. Weitere Vorlagen zu Messen stammen von Jachet de Mantua, Josquin Desprez, Orlando di Lasso, Giovanni Pierluigi da Palestrina, Cipriano de Rore, Alessandro Striggio dem Älteren, Philippe Verdelot und Giaches de Wert. Einige Messen haben auch Chansons und Madrigale als Vorlage. Als besonderes Stilmerkmal dieser Werkgruppe kann eine gewisse Gemessenheit des Ausdrucks festgestellt werden. Im Hinblick auf die Vielfalt der geistlichen und weltlichen Vorlagen und in deren meisterhafter Umgestaltung ist der Komponist einer der Hauptvertreter der Parodiemesse des 16. Jahrhunderts.
Der Motettenstil von Philippe de Monte erinnert in seiner satztechnischen und ausdrucksmäßigen Ausgewogenheit an Palestrina. Seine Kompositionen verkörpern einen klassischen Stil der Spätrenaissance, in dem die Empfindsamkeiten seiner Madrigale zugunsten eines zurückhaltenden und beherrschten Ausdrucks zurücktreten.
Die Motetten sind überwiegend fünfstimmig; das einzige vierstimmige Motettenbuch von 1596 ist nur unvollständig überliefert. Die Stücke sind weitestgehend auf Inhalt und Struktur des Textes ausgerichtet; sie sind expressiv, aber beherrscht, chromatische Stimmführungen sind selten. In der Wahl der Modi und der stimmlichen Besetzung zeigt der Komponist ein eigenes Gespür für den vorherrschenden Textaffekt; insgesamt bauen die Motetten mehr auf unaufdringliche Technik als auf hohe Kunstfertigkeit. Eine besondere künstlerische Höhe erreichte de Monte mit seiner eindrucksvollen und expressiven Motette „O suavitas et dulcedo“ aus dem Libro quarto de motetti von 1575. Es sind auch mehrchörige Motetten des Komponisten überliefert, und zwar in der erst 1685 erschienenen Sammlung mit sechs- und zwölfstimmigen Werken; hier ist die letzte Komposition, „Benedictio et claritas“ für drei vierstimmige Chöre. Seine geistlichen Madrigale stehen den weltlichen sehr nahe; für diesen Typ schrieb de Monte mehr Werke als alle Zeitgenossen.
Philippe de Monte komponierte von 1554 bis 1603 über 1200 Madrigale, die in 34 Büchern bei den angesehensten venezianischen Verlegern erschienen sind; er ist damit der produktivste Komponist in der Geschichte dieser Gattung. Nur die ersten vier Madrigalbücher wurden in seiner italienischen Zeit gedruckt, alle anderen erschienen in seiner Wirkungszeit am habsburgischen Hof. Die Texte gehen vor 1580 meistens auf Francesco Petrarca zurück, später auf Pietro Bembo, Ludovico Ariosto und Jacopo Sannazaro.
Sein erstes Madrigalbuch (Rom 1554) zeigt noch einen recht konservativen Stil. Die folgenden Bücher weisen eine Entwicklung zu größerer stilistischer Vielfalt und fortschreitender Übernahme zeitgenössischer Errungenschaften auf (Adrian Willaert und Cipriano de Rore), und zwar farbigere Harmonik und lineare Chromatik. In seiner Zeit als kaiserlicher Hofkapellmeister wird sein musikalischer Stil zunehmend individueller in Richtung auf einen eigenen Personalstil. Einen Höhepunkt seines Madrigalschaffens stellt sein 10. Madrigalbuch mit Stücken wie „Scipio, l’acerbo caso“ und dem faszinierenden achtteiligen Zyklus „Già havea l’eterna man“ dar, letzteres basierend auf dem „Orlando furioso“ von Ariosto.
Ein gewisser Stilwandel zeigt sich nach 1581 in de Montes Hinwendung zu der Mischform des Canzonetten-Madrigals mit einer transparenteren, mehr homophonen Schreibweise und lebhafter Rhythmik auf Texte von Giovanni Battista Guarini und Torquato Tasso in seinem 11. Madrigalbuch zu fünf Stimmen.
Gegen Ende seines Lebens kehrte der Komponist zu einer komplexeren Mehrstimmigkeit und Harmonik zurück und setzte sich mit dem textlichen und kontrapunktischen Potential von sechs- und siebenstimmigen Kompositionen auseinander, so in seinen letzten drei Veröffentlichungen „La fiammetta“ (1599), „Musica sopra Il pastor fido“ (1600) und dem 9. sechsstimmigen Madrigalbuch (1603). Hier zeigt der 80jährige Komponist seine Souveränität in der Verbindung von Expressivität und vollendeter Technik.
Die weltlichen Werke von Philippe de Monte wurden in ganz Europa gesungen; sein Erfolg und die große von ihm erreichte Achtung und Wertschätzung ergibt sich aus der weit gestreuten Verbreitung seiner Werke in Drucken und Handschriften, aus den zahlreichen Nachdrucken seiner Madrigalbücher und die große Zahl erfolgter Aufnahmen seiner Stücke in Sammeldrucke seiner Zeit. Bekannt gewordene Schüler des Komponisten waren Jean de Macque, Carl Luython, Lambert de Sayve und Giovanni Battista Dalla Gostena.
