Im Jahr 1807 gab Fürst Nikolaus II Esterházy bei Beethoven eine Messkomposition in Auftrag, wie sie zwischen 1796 bis 1802 von dessen Lehrer Joseph Haydn jährlich anlässlich des Namenstags von Fürstin Josepha Maria Hermenegild geschaffen worden war. Beethoven beschritt jedoch bei seiner Komposition derart neuartige Wege in der Vertonung der liturgischen Texte, dass das Urteil des Fürsten vernichtend ausfiel:
Das Werk sei „unausstehlich lächerlich und abscheulich, ich bin noch nicht einmal sicher, ob man sie ehrenhaft nennen kann. Ich bin wütend und beschämt“ – was möglicherweise aber auch an der offenbar mangelhaft einstudierten Uraufführung in Eisenstadt gelegen haben kann.
Beethoven selbst blieb von der Qualität seiner ersten Messe überzeugt, mit der er zukunftsweisendes Vorbild sein sollte für Messkompositionen des 19. Jahrhunderts:
„Von meiner Messe wie überhaupt von mir selbst sage ich nicht gerne etwas, jedoch glaube ich, dass ich den Text behandelt habe, wie er noch wenig behandelt worden.“
Aus der Ablehnung seines Auftraggebers zog Beethoven die Konsequenz: Er widmete das Werk um zugunsten eines weiteren seiner Gönner, nämlich Ferdinand Johann Nepomuk Fürst Kinsky von Wchinitz und Tettau.